È consigliabile eseguire sempre il backup dei blocchi appunti, proprio come gli altri file e dati del computer. L'unità disco rigido si arresta in modo anomalo e può verificarsi un errore umano a chiunque e, in caso affermativo, le note andranno perse per sempre. Se si esegue regolarmente il backup dei blocchi appunti, è possibile ripristinarli in qualsiasi momento.
OneNote consente di mantenere i backup manuali e anche automatici di tutto il lavoro, ma attualmente non è possibile in OneNote per il web. Per la procedura dettagliata su come eseguire questa operazione nell'app desktop OneNote 2016, vedere Eseguire il backup delle note e Ripristinare le note da un backup.