A jegyzetfüzetekről mindig biztonsági másolatot kell készítenie, ugyanúgy, mint a számítógép többi fájlja és adata. A merevlemez összeomlik, és az emberi hiba bárkivel megtörténhet, és ha ez történik Önnel, a jegyzetei örökre eltűnnek. Ha rendszeresen készít biztonsági másolatot a jegyzetfüzetekről, bármikor visszaállíthatja őket.
A OneNote képes az összes munka manuális és automatikus biztonsági mentésére, de ez jelenleg nem lehetséges Webes OneNote. Ennek az OneNote 2016 asztali alkalmazásban történő végrehajtásának részletes lépéseit a jegyzetek biztonsági mentése és a jegyzetek visszaállítása biztonsági másolatból című témakörben találja.